Zur Auswertung der Biochip-Experimente werden das eigens hierfür entwickelte M-CHiPSystem ( www.mchips.org ), ein Microarray Data-Warehouse, sowie Softwarepakete eingesetzt, die unter R laufen - einer Sprache und Umgebung für statistische Datenverarbeitung und grafische Darstellung ( http : / / www.r-project.org / ).
Hierbei können Genexpressionsmuster und Gencluster identifiziert sowie nachfolgend Zusammenhänge zu experimentellen Parametern, klinischen Verläufen oder Stoffwechselwegen im Sinne der systematischen Genbeschreibungen GO (Gene ontology, www.geneontology.org) hergestellt werden.
Diese Auswertungen erfüllen die internationalen Standards der Microarray Gene Expression Data Society MGED (www.mged.org).
www.igb.fraunhofer.deFor evaluating the biochip experiments we use the purpose-designed M-CHiPSystem ( www.mchips.org, German Cancer Research Center ( DKFZ ) Heidelberg ), a microarray data warehouse and analysis tool.
Transcription profiles are compiled and gene clusters identified using correspondence analysis allowing subsequent identification of correlations with experimental parameters or clinical processes.
These evaluations meet the international standards of the Microarray Gene Expression Data Society MGED (www.mged.org).
www.igb.fraunhofer.deMomentan ist er als Doktorand der Informatik im Fachgebiet Wissensverarbeitung der Universität Kassel beschäftigt.
Seine Forschungsschwerpunkte liegen auf dem Gebiet des kollaborativen Wissensmanagements, des Ontology Learnings und der kollaborativen Schlagwortsysteme.
Björn-Elmar Macek#
puma.uni-kassel.deHe is employed currently as a Ph.D. candidate in Computer Science at the University of Kassel, Germany, in the research unit Knowledge and Data Engineering.
His main research interests lie in the area of collaborative knowledge management, ontology learning and collaborative tagging systems.
Björn-Elmar Macek#
puma.uni-kassel.deZusätzlich wurden zwei weitere humane Proteine gefunden ( ZNF804B und GPATCH8 ), die eine signifikante Homologie zu ZNF804A und ebenfalls N-terminale Zinkfinger-Domänen aufweisen.
Anhand von Gene-Ontology-Analysen konnten wir zeigen, dass mehrere Interaktionspartner von ZNF804A direkt oder indirekt am RNA-Spleißen beteiligt sind.
Mit Hilfe eines neu entwickelten zellbasierten Fluoreszenzgen-Reporter-Assays (Younis et al., Mol Cell Biol, 2010;
www.ngfn.deAdditionally, two further human proteins have been found ( ZNF804B and GPATCH8 ) which show significant homology to ZNF804A and also have an N-terminal zinc finger domain.
Based on Gene Ontology analyses we could show that several interaction partners of ZNF804A are directly or indirectly involved in RNA splicing.
Using a newly developed cell-based fluorescent gene reporter assay (Younis et al, Mol Cell Biol, 2010;
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