Die Methylgruppen zwingen die AT-Paare, von den GC-Paaren wegzukippen.
In der misgepaarten DNA gibt es dagegen keine sterische Hinderung zwischen Methylgruppe und Base.
Literatur:
www.biologie.uni-hamburg.deThe methyl group forces the AT basepair to wedge away from the GC pair.
In the mismatched DNA there is no steric hindrance between the methyl group and the base.
Literature:
www.biologie.uni-hamburg.deDie Bindung des Isoxazolringes ist notgedrungen anders : ein Wassermolekül ersetzt die gamma-Carboxylgruppe des Glutamates.
Die Methylgruppe des aromatischen Ringes bindet an eine hydrophobe Tasche.
Met708 muß sich zur Seite bewegen, um für den Isoxazolring Platz zu machen.
www.biologie.uni-hamburg.deBinding of the isoxazole ring has to be different : a water molecule mimicks the gamma-carboxyl group of the glutamate.
The methyl group of the aromatic ring sticks to a hydrophobic pocket.
To accomodate the isoxazole ring, Met708 has to shift it s side chain.
www.biologie.uni-hamburg.deDie 6-NH2 und das N7 vom Adenin, der 4-Oxo-Sauerstoff vom Thymin, das N7 vom Guanin, der 6-Oxo-Sauerstoff vom Guanin und die 4-NH2-Gruppe vom Cytosin.
Zusammen mit der Methylgruppe des Thymins ergibt sich ein vier Buchstabencode in der großen Furche.
In der kleinen Furche gibt es nur zwei Buchstabencodes!!
online-media.uni-marburg.deWe find in this groove, which is also used by all proteins involved in gene regulation, the 6-NH 2 group ( d ) and the N7 ( a ) functionality of adenine, the 4-Oxo-oxygen ( a ) of thymine, the N7 ( a ) of guanine, the 6-Oxo-oxygen ( a ) of guanine and the 4-NH 2-group ( d ) of cytosine.
Together with the sterically bulky methyl group of thymine one has a four letter molecular recognition code in the major groove ( see below ).
In the small minor groove one finds only a two letter code.
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